学院任务-合成年人拘留
在加入学院后，从院长尚恩这里接到第一个学院任务。现在有个失控的合成年人成为掠夺者的头领，他的记忆被铁路组织抹除，身分也更改，相信自己是一个叫盖伯瑞的男人。
尚恩希望主角和他派出的一名追猎者一道，一起带回那个合成年人。
赶到奈罕码头见到那名追猎者，他的代号是X6-88，忙于应付纠缠的混种狗和附近的机器守卫，没工夫与你说话，于是帮他清理敌人。
清理完现场和他对话，得知那个要追捕的编号为B5-92的合成年人现在躲在一艘大型货船上。
盖伯瑞在海湾倾覆的一艘大船上，可以沿着杂乱曲折的栈道走过去，也可以跳海直接游过去。走栈道的话免不了和零散分布的掠夺者厮杀，因此笔者选择直接游过去。
爬到大船早，沿着木梯和平台一层层爬上去，清理沿途出现的掠夺者喽罗。
找到船长的机舱，X6此时告诉你B5-92的重置指令和授权码。
在房间的角落里有只保险箱，爬竖梯到顶层甲板找到掠夺者的首领盖伯瑞（B5-92），对话中选择“使用回收代码”，他就会被强制关机。
解决掉余下的喽罗，盖伯瑞被X6-88传送回学院。
回到学院见尚恩，他为你准备了一间营房，到你的新居看一下，此任务完成，解锁任务“碉堡山之役”。
学院任务-碉堡山之役
前去见尚恩，得知铁路组织经常帮助合成年人逃出学院，相当于偷走学院的财产，绝不能轻易的放过他们。最近有一批合成年人被铁路组织藏在碉堡山旧记念碑的小村落里，得尽快去回收他们。
这个任务有个可选目标是前去通知铁路组织，不过铁路方面觉得主角还得继续在学院做卧底，为了不引起学院的怀疑，他们准备牺牲碉堡山的铁路成员。因此，这个选项不会对学院的任务起到影响。
前往碉堡山附近和联络人X4-18会面，得知有四名合成年人被铁路组织保护着，他们就藏在小村里。从他手上获得回收代码。
前往碉堡山，附近的学院势力和铁路组织，甚至还有钢铁兄弟会的人加入，一盘混乱的厮杀。不过别看三方打得热闹，由于你目前和钢铁兄弟会的关系尚未交恶，所以他们不会主动攻击你，所以你也不用攻击他们。
正门锁住，现在你要做的是找到打开侧门，进入这个村落。
进到这个村落后，按照坐标提示在市集的墙边找到一只井盖，由此爬进地下室。
里面的钢铁兄弟会和铁路的人马正在混战，不用和他们纠缠，由对面的平台进到后面的维护通道，穿过通道和平台，只有几座炮塔会攻击你，铁路成员不会动手。
沿着维护通道进到密室找到那四名合成年人，分别对他们说话并选择“重设密码”。全部关机后，X4-18将他们传送回学院。
前去见尚恩，此时他不在地下的学院，而是在理工大学的废墟顶层天台。
这么多年来，这是他第一次踏出学院，看到地上的世界。这个世界在他的眼中已经死了，人类的希望是在地下。尚恩还说出当年的主角夫妇两人是学院的备用人选，被封存在111避难所中，是长大后尚恩将主角给放出来的。
任务完成，尚恩给了主角不少的瓶盖，接下来邀请主角参与学院的董事会。
学院任务-重新定义人类
回到学院找到会议室，找张椅子坐下来，倾听尚恩和几位部门主管的谈话。
贾斯汀对主角的到来表示异议，尚恩表示稍后会解释引事。接着贾斯汀汇报说波士顿机场被钢铁兄弟会盘踞着，联邦各地也发现兄弟会的踪迹。铁路方面仍在行动，并且越来越有野心。
接着尚恩会询问第三期的进展情况，并对主角解释说，学院的每步发展都会增加能源的需求，为此会做许多的妥协和牺牲。现在依赖他人的时代一去不返了，第三期指的是启动核子反应炉，为学院提供永久且充足的电力。
但是，目前还有几件重要的事情要完成，这副重担自然落到了主角的肩上。
接下来，尚恩道出一个惊人的事实，他身患有不治之症，在克雷顿博士的悉心照顾和治疗下并没有好转，反而情势越来越恶化，各种实验性治疗都会没有成功。
留给他的时间不多了，在此宣布将学院的领导权交给主角！
诸位部长均感到震惊，贾斯汀反对的声音最为强烈，认为主角无法胜任，她（他）甚至连科学家都不是。尚恩说学院里的科学家够多了，但学院需要的是一名领袖。
部长们面带阴郁的散去，向尚恩表示自己能担此重任。尚恩说有项任务需要主角执行，接到任务“大核融合厂”，此时X6-88可招募为同伴。
学院任务-大核融合厂
前去和艾莉•菲尔摩说话，得知学院内的反应炉需要尽快运转起来，主角得前往大核融合厂取得铍震荡器。
此任务除了带一名同伴外，艾莉•菲尔摩博士也会随行。
和钢铁兄弟会路线不同，学院是直接传送过去的。
因此在和博士对话后，乘坐庭院中央的电梯抵达上层的传送室。
注意-一旦使用传送机，和钢铁兄弟会的关系也就敌对了，兄弟会路线的任务中断，而和义勇兵和铁路的关系维持不变。
来到大核融合厂的楼梯，这里所遇到的敌人是兄弟会的学士和骑士，不过流程和兄弟会的任务相仿。
由天台进入建筑，电梯上有个读卡机。沿楼梯走到二层，在图示的桌子上找到高层实验室密码和大核融合厂高层ID卡。
乘电梯下行，建议使用隐形小子，否则途中会遭遇各层的骑士的袭击。电梯中途因失去电力停住，离开电梯遭遇伏击，利用VATS模式迅速狙杀。
清理兄弟会的人马，在一间办公室里找到发展部门经理的终端机，拥有专家级的骇客技能的话可以解除锁定，在“电源管理”中选择“确认”，给电梯恢复供电，回到电梯继续下行。
如果不能破解终端，就需要寻找破损的地板一层层的往下跳落，逐层清理兄弟会的人。
降到大厅免不了又一番的激战，然后往一侧找到另一部电梯，刷卡进去，乘电梯上行。
来到核反应炉实验室，在实验室的左侧走廊启动按钮，完成消毒程序后进到反应炉车间。
反应炉车间里的辐射爆表，做好抗辐射措施。解锁反应炉，从中拿到铍震荡器。
警报响起，原路撤离实验室，沿途少不了一番激斗。这里要清除那些保卫者和铁卫兵等防御单位才能全身而退。
在回到大厅时有个可选任务，协助合成年人清掉大厅里的兄弟会成员。
回到学院，前往先进系统部门见艾莉•菲尔摩博士，她说此行带来的刺激够她回味一生的。不过圣父那边还有任务要做，可别让他久等了。
学院任务-压制住
和艾莉•菲尔摩博士谈过话后解锁此任务。去找尚恩谈话， 他说兄弟会喜欢囤积科技，对学院一向是虎视眈眈，冲突升级在所难免。而主角和兄弟会结盟，若是能够和他们正面冲突的话，会令学院的人们安心不少。
接下来他布置下一个任务，此前他曾派出一个小队邀请某人加入学院，不想那人呼叫来了义勇兵从中作梗。由于主角就是义勇兵的头领，希望能够前去调停此事，双方尽量不要武力相向。
先传送至格雷花园，不远处的一间屋子前站着一群义勇兵。
询问为首的人，事件的来龙去脉和尚恩说的一致，此时可命令他们撤兵。魅力高的话可以说此事件是误会，让他心悦诚服。
进入格雷花园的农庄找到汤普森博士，他率领的几名合成年人也在屋里，他们正准备逮捕一名叫华勒斯的科学家。
走到门前和里面的华勒斯谈话，许以最好的设施来从事科研。最后华勒斯痛快的答应了，汤普森如释重负，此任务完成。
学院任务-启动
回到学院见尚恩，他对华勒斯的表现很满意，华勒斯很快的进入工作状态，并改善了三期工程的工作效率，这一切全赖有主角的帮助。
现在应该正式的对联邦宣布学院的存在，由主角来录制一段宣言。
走到左边的桌子前，对麦克风读发言稿，其间要自己选择关键词，连缀成一篇通顺的发言稿。笔者建议都选下方的选项，比较中肯通畅。
录完宣言再和尚恩说话，他要主角前往钻石城的广播站播放这段宣言，以让整个联邦的人民都听得到。
来到钻石城集市，绕到如图的位置找到广播站。
进入这间铁皮吊脚屋，先在设备下面的铁箱里找到有刻度的、有按钮的、有管子的无线电仪器。然后从左至右按照有按钮的、有刻度的、有管子的顺序将它们安装到三部设备上。
重新设定发射器后回到学院，前往学院先进系统的反应炉和尚恩对话，他开始向学院的人们进行一番演讲。此时主角的任务是启动反应炉，打开反应炉的舱门，进去放置核心。
退出来，再使用终端机启动程序。
再次和尚恩说话后，前往会议室主持董事局会议，会上主角制定针对兄弟会的策略，以及日后研发的方向-以合成年人的数量取胜还是着重于武器研发。会议结束，此任务完成。
学院任务-分家
这个任务在尚恩宣布主角为下任院长的时候触发。生命科学部门看起来有些不对劲，于是前去见欧伯力博士，得知希格斯和罗肯博士反对主角成为继任者，他们占据了生命科学部并切断了学院的食物补给。他们的条件是，主角解除和学院的一切关系。
欧伯力交给主角一盘卡带，如果不能说服他们，可用它打开观测室终端机的指令功能。
欧伯力博士会打开一条走廊的门，穿过走廊进到仓库消灭里面反叛的合成年人。推门出去沿走廊走，沿途的天花板有好几只雷射炮塔，击毁再走。
开锁进到一间大型仓库，会有突袭者冲出来，切换到VATS模式击杀。
往前找到一台电脑终端，破解它后可以打开安全门并关掉炮塔。
来到变种人容器的实验室，这里是维吉尔曾经工作过的地方，桌上有他写的笔记。在附近的另一张桌上有维吉尔需要的解毒血清，拿到后可送给发光海岩洞里的维吉尔。
穿出实验室来到生命科学部的种植大厅，解决掉所有的反叛合成年人，平息的反叛。和希格斯博士交谈，一旁的罗肯会帮忙打开门出去。
回到庭院和欧伯力博士交谈，说明对两名科学家的处罚态度，笔者选择的是不惩罚。从欧伯力处拿到不少的药剂，任务完成。
学院任务-到此为止
尚恩说主角和铁路组织的密切关系备受学院高层的质疑，现在是和他们划清界限的时候了。为了证明这一点，须前去刺杀铁路的最高领袖戴瑟蒙娜。
来到铁路总部，戴瑟蒙娜毫无防备，这里可选择跑到她身后偷袭，不过强敌环伺，容易遭到围攻。也可选择在通道里据守，一点点的蚕食总部里的骨干力量，再击杀首领戴瑟蒙娜。
击杀戴瑟蒙娜后，要全歼余下的铁路首领，包括铁匠汤姆、迪耿、卡灵顿博士、葛洛莉。
如果此前迪耿被遣散到其它地方，也得赶过去消灭掉。
回到学院向尚恩汇报结果，亲手杀掉曾经的朋友并不是一件轻松的事情，尚恩也深深的理解这一点。对话结束，任务完成。
学院任务-飞船坠落
消灭掉了铁路势力，学院接下来的目标是贪图科技的钢铁兄弟会。他们终将找上学院，不如主动出击消灭他们。
前往先进系统部门找黎博士谈话，她的助手萝莎琳解释作战计划。计划是进攻波士顿机场，那里的兄弟会设置了电磁场，用来干扰学院的传送能力。
如果主角能前去摧毁那些电磁场发生机，学院就能将合成年人传送过去，对敌人施以打击。
第二步是找到自由至尊，取得它的控制权，用它来摧毁钢铁兄弟会的飞艇。
从萝莎琳手上拿到几个信标，是用来召唤合成年人部队的。
由学院传送到机场外围，穿出篱院后不要到河边，而是沿着荒草丛朝着目标地潜行。
趁敌人不备，全力冲进前面的建筑里，避开不必要的战斗。
冲进建筑后完成第一个目标，接下来要摧毁三部磁场发生机。
进屋后右转杀掉昆兰，在右边找到上行的楼梯，由此可直接进到停机坪。
在上楼梯前将武器切换火箭筒，用它摧毁停机坪上的垂直飞行机，以免它起飞后会用机枪扫射全场，造成麻烦。
在停机坪的后面是第一部磁场发生机，给它来一枪就行了。
清完兄弟会的骑士，绕到楼梯道建筑的后面，这里是第二部磁场发生机，摧毁之。
每摧毁一台发生机，就会有几名合成年人传送过来成为主角的小弟，战斗越来越是轻松。
第三部磁场发生机在一侧建筑里，进去后乘电梯到上层，解决掉两座炮塔就能找到它了，轻轻的一枪打坏它，随后大量的合成年人出现在机场。
冲进机场，爬到自由至尊的上层平台，枪决附近的英格兰姆督学，随后掩护一名合成年人去破解自由至尊。敌人会从两侧的楼梯攻上来，左右开弓守在这里。那名合成年人若被击杀，还会有新的补充上来。
在后期敌人来势汹湧，此时可放萝莎琳给的信标来呼叫增援。
防守期间会有几架垂直飞行机过来骚扰，武器换上火箭筒轰毁它们。
成功破解自由至尊后，主角被传送到远处，目睹自由至尊
学院任务-核子家庭（结局）
回到学院见到儿子尚恩，看到他虚弱的躺在病床上，嘱咐主角以后多依赖忠心不二的菲尔摩博士，在他逝去后由主角接管整个学院。他感谢这段时间的相处，感谢主角帮助一个小男孩完成他的梦想。只是，他现在要睡了……
结局动画
我失去了尚恩，又一次！
我闭上双眼，看见在这一切之前，核弹落下前的人生。
什么事都可能在转瞬间风云变色，你所规划的未来也会瞬间变样，无论你是否做好准备。人的一生中，总是会碰到这种事。
这不是我想要的世界，但我身陷其中。联邦，我的家园，分分合合。我以为，我希望……我能再次找到家人，骗过时光，再次团圆，回到从前的样子。
现在我明白了，我明白世界已经变了，前方的路将会困难险阻。我已做好准备，因为我了解战争。
战争永远不变。
