主线任务-超越时空
不知过了多久，主角再次从休眠中醒来，舱外传来警报声，低温阵列遭受严重故障，所有避难所居民须进行疏散，现在主角得逃离这里。调查房间里的电脑，里面写着所有舱室冷冻人的名字，只有主角一人存活下来。
来到外面走廊，末端的紧急逃生门发生故障打不开，于是进到右侧的门。
到附近屋子搜刮一下，收集的治疗针用来恢复血量。往前遇到巨型蟑螂，挥拳打死，按左Alt可发动强力攻击。
往前到一间大屋子，有台休闲娱乐终端机可调查一下，有全像游戏卡带的话可以在玩一下。穿过幽暗的核能供应单元房间，地上居然有具骷髅，显然死者已经在这里很多年了。到底是怎么回事，地下设施里的人们都哪里去了？
继续打蟑螂来到下一个房间，从吧台上拾取几支治疗针，旁边还有10MM手枪和弹药。治疗针可恢复30%的血量。档案柜里有发夹，它是用来开锁的道具。在附近的储物架上还能收集到不少弹药，全部拾取。
收集到的服装和道具，可以按I键打开菜单，在里面配置成装备。消耗品可设成最爱，以方便用快捷键使用。
调查吧台上的终端机，选择“开启疏散隧道”，由开启的门进到走廊。
走廊里遇到成群的蟑螂，这里用拳头应付不来，要使用刚拿到的手枪射杀它们。
穿过走廊来到出口的密封门前，调查控制台，得知须用哔哔小子才能操作它。和前作一样，哔哔小子是一种腕带便携电子设备，相当于主角的私人助理，提供技能升级、任务提示、地图、资讯等帮助。
从地上的一具骷髅旁拾取一只哔哔小子，再去调查控制台，成功打开密封门。
穿过密封门，等前面的护罩移开，站到升降梯上有一次修改主角设定的机会，除了性别不能更变，其它的参数都可以修改，完成修改就可以逃离111避难所了。
适应刺眼的阳光后，主角跑下山坡朝着村庄跑去。这里残垣断壁，沦为了一片废墟。草木枯萎，化成不毛之地。
在家门前找到嘎抓，它也是锈迹斑驳，残破不堪。嘎抓道出令主角震惊的事实，距当初主角逃到避难所已有200年的时间了！
此时有一个说服选项，拥有足够的魅力就能够说服NPC提供情报或交出瓶盖。
说服的难度以颜色表示-黄色＝简单，橘色＝中等，红色＝困难。
继续和嘎抓交谈，得到一盘全像卡带。对话完毕，两人一道搜索附近的民宅。
在第一幢屋子清掉一只巨型苍蝇，再跟随它到主角的家里。再杀掉一只苍蝇，嘎抓提议到附近的康科德镇调查，
前往康科德镇的途中有道横向河流，不要走河里，那里有幅射。遭到辐射会使生命上限减少，须找医生或解药来消除影响。这里要从一道木桥过去，搜尸得到子弹和治疗针。
进到红火箭维修站，这里有武器工作台和工房，熟悉一下它们。武器工作台用来升级武器，工房则用来制造物件道具或改变建筑结构。
穿过红火箭维修站来到康科德镇，见到街道上有一群掠夺者在围攻博物馆。抄到他们的身后弹杀之。
上前和博物馆阳台上的普雷斯敦•加维说话，他说博物馆里有一群居民，那些掠夺者已经冲进去了，要主角拿一把雷射毛瑟枪帮助他们。完成任务“超越时空”，解锁任务“自由钟声响起”。
主线任务-自由钟声响起
从台阶前拾取雷射毛瑟枪，推门进到博物馆的一层大厅。毛瑟枪按R来充能，这里最多最充能两次，能量越高伤害也就越大，充能两发的话可以一弹必杀。
用毛瑟枪击杀前厅顶部的两名掠夺者，你也可以不理会他们，等会抄到他们的身后解决。
大厅被栅栏一分为二，走到栅门的左侧拾取一只发夹盒，里面有6只发夹，它们是用来开锁的工具，后面马上会用到。
要到达后厅，需要从右侧的走廊和房间绕过去，上楼梯到二层，抄到方才那两名掠夺者的后面偷袭，清掉他们。
进到二层一侧的走廊会听到掠夺者的说话声，按Ctrl进入潜行模式进到屋里，偷袭击杀两名敌人。
穿过这间屋子上楼梯，来到三层平台，在这里还会遭遇两名掠夺者，弹杀他们。
进到幸存者的安全屋，普雷斯敦•加维说他们隶属于联邦民兵，在此保护着一些平民。原本有20个人，现在只剩下他们5个人了。除了他和司特吉，还有玛西、朱恩和墨菲老妈。
他们一直寻找新的落脚点，结果在列星顿遇到尸鬼，跑到康科德又遇到掠夺者，真是流年不利。
司特吉说博物馆的屋顶有架坠毁的垂直飞行机，那里有套军方配备的T-45型动力装甲，穿上它会变得更强壮耐打，还能抵抗辐射。并且，穿上它可以轻检拆下飞行机上的旋转机枪，这样就能对付外面的掠夺者了。
不过使用装甲需要找到战前核融合核心，用作它的电池，在博物馆的地下室里有这东西。
和两人对话后，调查屋里的桌子，拾取一只娃娃（1/20）。在本作中共有20只娃娃，笔者会在本攻略中注明它们的位置，这只是感知娃娃，使主角永久感知上升1点。
地上还能收集到漫画杂志《罗科玩家》，附赠卡带游戏《原子命令》。
回到一层的后厅，如果按笔者提示收集的话，此时身上已有不少的发夹了，用它来打开安全门的锁。开锁方法和一样，而发夹相当于开锁器。
调整发夹的方向，然后按A旋转，如果转不动，就放开A键，重新调整发夹的方向，直至锁芯旋转90度，成功解锁！
进到地下室，从设备上取得核融合核心。
回到三楼的安全屋，穿过房间到另一侧平台，进到有EXIT标志的门找到动力装甲。
将身上的核融合核心放进去，就可以穿上它了。离开机舱拾取旋转机枪，从屋顶纵身跳到街道上清剿掠夺者。体验一下旋转机枪的使用，射击有一定时间的迟缓，并且持续射击会过热。
时值夜晚，光线比较暗，不太容易发现敌人目标，可以依据射击的火光来判断。
开始的散兵游勇很好解决，不过你站到博物馆前，面向前面的长街，注意尽头会出现一只死亡爪，貌似恐龙的大家伙。
这里要把握好射击的节奏，利用过热恢复的时间奔跑，尽量和它保持距离。被它近身攻击的话很容易挂掉。
回到博物馆向普雷斯敦汇报，得到报酬-核融合电池X50，瓶盖X100，两人约定到庇护山丘会面。
此时和旁边的墨菲老妈交谈，她说自己有天眼，能看到主角沉重的命运，并察觉到主角的儿子仍然活着。主角可以前往附近最大的聚落－钻石城去寻找，解锁任务“联邦之宝”。
这位老奶奶看样子沉溺于药物，若是给她找来药，天眼能看得更清楚。
等普雷斯敦护送平民抵达庇护山丘，过去找他对话，他觉得这里符合他们定居的条件，并嘱咐主角别轻视墨菲老妈的天赋。
普雷斯敦请主角帮忙，前往十松庄帮助那里的居民。完成任务“自由钟声响起”，解锁任务“下一步”。
主线任务-联邦之宝
此任务与之前的任务“所向披靡”类似，它当中是包含了两个流程任务，“世纪大报道”和“通往自由”。
首先你要去到钻石城与派普汇合，当时你们二人都被敌人追赶得焦头烂额，钻石城迫不得已只开打开城门让你们二人进入。
钻石城的市长麦多那询问你前来的目的，你表示希望获得寻找儿子的下落，可是麦多那却不愿意付出人力物力，这遭到身为记者的派普严厉批评。
随后跟随着派普前往她在钻石城中的报社，一定要在其报社与其对话。
派普希望可以将你的经历编写成故事，她认为钻石城的居民应该要对联邦的境况有着充分的认知，你就是她的最好题材。
最好选择回答都是选择真诚的回答内容，随后派普会建议你去找侦探瓦伦坦帮忙。
去到钻石城北面，在那儿巷子内就能够发现一个心形的霓虹灯，顺着巷子走进去就能进入到瓦伦坦的侦探事务所。
据其秘书艾莉称，瓦伦坦为了调查一名被绑架的女子，如今可能已经陷入到被瘦皮马龙囚禁的困境中。
主线任务-怪客瓦伦坦
瓦伦坦似乎在调查按键的时候失踪了，如果你要让他协助帮忙寻找尚恩（你的儿子），就必须先找到他的下落，他最后出现的地方在公园街车站。
传送前往钻石城东面的战区，穿过天鹅湖就可以发现到地铁口，然后落到地铁站内。
沿着楼梯落到月台，清理那里的保镖。
然后去到轨道的尽头，在114避难所的机械大门前，操作控制台可以将机械大门移开。
进入到114避难所之中全程可以用蹲伏的潜行来暗杀敌人。
穿过第一道滑门往下层走去，在走廊内有两名正在聊关于瘦皮马龙和黛拉的保镖，向他们扔去烟雾弹，然后就可以暗杀掉两人。
进入到动力机房内，沿着铁楼梯往下慢慢走，沿路可以尾随暗杀掉这里的保镖。
然后从底层房间的窟窿跳落到下层，接着去到避难所的居住片区。
居住片区二层西面房间就是关押瓦伦坦的位置，静悄悄走上去将与瓦伦坦争吵的保镖阿迪给暗杀了。
然后破解墙上的终端机，就可以打开牢房的门。
与瓦伦坦（他是一个还保持理智的合成年人）对话，告诉他你是有事相求，并且其位置是由其秘书艾莉相告，以赢得瓦伦坦的信任。
跟随着瓦伦坦一路杀出114号避难所。
返回到轨道区时会遇到瘦皮马龙和黛拉，原来黛拉为了自己生活过得好一点就选择成为曾经企图伤害自己的绑匪的女人。
你可以选择告诉带来，“你是一个还有家的人”，那么黛拉就会醒觉并选择离弃瘦皮马龙，而瘦皮马龙亦不会选择对你们进行过激的行为，而是倒数十声要你们离开他的视线范围。
直接逃出这个地铁站即可。
离开地铁站去到波士顿公园西面的街道可以看见重获自由的瓦伦坦，你已经赢得了他坐下来好好撇清思绪的机会，之后返回到钻石城瓦伦坦的侦探事务所再详细告诉他关于你儿子尚恩的细节。
主线任务-取得线索
瓦伦特要求你去他在钻石城的事务所碰面，首先点击事务所内的凳子慢慢跟瓦伦坦和艾莉谈谈你儿子的情况。
你需要描述凶手、描述尚恩、描述111号避难所、描述绑架犯，瓦伦特得出结论嫌疑人可能是克罗格。
瓦伦特知道克罗格之前与一个小男孩一块，一个杀手又怎可能会与一个小孩又瓜葛。
瓦伦特也知道克罗格所居住的房子，跟随着他去到克罗格的家。
从一路上你的描述，瓦伦特更加断定犯人便是克罗格。
进入到克罗格的家，发现已经人去楼空。
先搜刮上下层，随后瓦伦特会发现一层桌子下有个机关，你触发一下后会打开旁边的拷问室。
你们发现这里有克罗格喜欢的旧金山雪茄、谷内黑啤酒，让狗狗嗅一嗅
主线任务-重逢
这时候可以让瓦伦坦加入到队伍当中，让他成为你的火力。
离开克罗格的家跟随着狗狗走出钻石城前往五金镇，在水潭附近翻转的凳子上可以发现到克罗格的雪茄。
穿过路轨后落到桥底，在桥底楼梯口右侧的水管上会挂着一件血衣。
在南面临近奥伯兰车站的密林内的隧道口会发现克罗格喜欢的啤酒瓶。
在不远处的桥底下会发现一台机械人被克罗格摧毁，向其询问，机械人指出攻击他的人正是克罗格。
在临近黑根堡的森林内会发现到一件血衣挂在铁丝网上。
去到黑根堡门前发现大门紧闭，从左右两侧可以绕道黑根堡的地下停车场，打开走火通道的门就可以进入到建筑物内。
进入到建筑物内就往下层走去，沿途会遇到合成年人阻击。
建议是先去到停车场楼层西面的机械方内，操作终端机将所有的防御系统关闭掉。
再落一层，最好是先前往负二层中部的军械库，军械库的门需要破解终端机才能打开。
内进可以拿到胖子核弹，等会BOSS战就能直接把敌人都秒杀。
沿着军械库右侧的走廊前行，就能够看见克罗格。
他告诉你，的确是他绑走了尚恩，可是如今的尚恩已经效力于学院。
随后就要与克罗格大战，直接用大杀伤力的武器将克罗格杀死，然后拾获他的头颅，接着使用克罗格的终端机了解到尚恩的记录，然后操作终端机打开旁边的门。
从克罗格房间左侧的区域就能够快捷离开黑根堡，然后返回到钻石城的侦探事务所。
瓦伦坦得知尚恩在学院手中，毫无疑问对他来说是在增添难度，但进入学院并不是不可能，那就要利用唯一与学院有联系的男人——克罗格，你已经拿到了克罗格的头颅，然后将其带到芳邻镇的记忆保管库，让专业人员读取出当天克罗格绑架尚恩所发生的事情。
主线任务-危险心灵
有个叫做阿马利博士的女人也许可以从克罗格的大脑取出进入学院的秘密。前往公园街站然后往西北面就可以前往芳邻镇。
刚进入芳邻镇有一名叫作芬恩的人要收取你的保护费，但他随后很快就会被人支开。
前往芳邻镇memory den，从后台落到底层就可以去到阿马利博士的实验室。
瓦伦坦以能够了解学院科技内幕为由，阿马利博士决定帮忙，可是要绕过克罗格记忆体的防火墙，需要用到两个人的大脑，瓦伦坦决定再帮你这个忙。
进入到记忆内，你可以跟随着神经体来行进以读取克罗格的记忆。
第一段记忆是克罗格的儿时，其母亲为了保护儿子却遭到父亲的家暴。
接着是克罗格的青年时期，当时他很反叛，认为幸福是在失去时才会发现，而他的焦点都放在一些狗屁琐事上。
然后是克罗格工作的景象，这段景象是无法存取的，只能单纯看动画。
随后就是去到酒吧当中，这时候克罗格与人爆发口角，也许他只是想打人一顿，但他经常是希望能把人直接打死，这充分反映其暴力倾向。
这段记忆过后要从右侧的吧台离开。
然后是克罗格在学院的面试现场，这是克罗格的无奈，他来到了联邦已经走投无路，所以也只好接受学院赋予的生活。
紧接着是去到学院内部的机房内，克罗格表示自己指挥听从命令行事，这次的行动很怪异，因为绑架行动只能由他一人执行。
虽说是绑架，但为何要绑架这个男孩，克罗格和学院内相关的工作人员可能都不太清楚。
最后是去到克罗格最新的记忆，那就是他的家中，这时会看见尚恩和克罗格在一块，首先要存取克罗格的记忆。
之后一名学院追猎者会出现，他使用同步传送带着尚恩离开，并且下达了要杀死叛变学院科学家维吉尔。
尚恩在离开前，还与克罗格道别，看来尚恩认为克罗格是好人。
点击电视离开记忆体，然后与阿马利博士对话，你已经知道前往学院的办法就是要通过同步传送。
然而阿马利博士并没有这方面的学识，你想到的是去寻找追猎者提到的叛变科学家维吉尔，想必他能够有办法。
可是前往他所在的发光海必须要拥有抵御强辐射的装备，所以你需要去做足准备。
主线任务-发光海
你必须找到维吉尔，就是那个逃走的学院科学家，他一定就在发光海的某个地方，希望他能帮你接触到学院。
先传送至废弃宫殿，然后往西面联邦边界走去，只要一走出边界，整个区域都充满辐射，要注意这里的水池、毒液溪，这两种地带辐射量可以高达16+。
沿路主要会遇到死亡利爪和辐射蝎子，它们不会成群出现，所以能够轻松绕过。
途径翻覆的工厂就可以进入到原子坑洞，这里是原子之神邪教徒的领地，与他们的领袖伊索德对话。她知道维吉尔偶尔会来到这边做交易，但此人很谨慎，并且居住在山洞上。
继续往西南面的岩洞就去，维吉尔就居住在这儿。
内进后解除两串铁罐，然后借助岩石作为掩体摧毁两台炮塔，接着在走廊前再解除两串铁罐，等待走廊内巡逻的机器人往洞内走去时，直接冲上去与维吉尔对话。
维吉尔已经受到严重辐射的影响，但他还有人性，当他了解到你的儿子被绑架之后，他表示自己愿意合作，但报酬是要你在他的办公室内取回血清（这个支线任务有多个选择的发展方向，在下文会有详细叙述）。
现在第一步工作就是你要获得一个追猎者的特殊硬体，这件设备让他们和学院的传送技能直接连接。
主线任务-猎人与猎物
维吉尔只是你前往旧联邦理工废墟，看你能不能使用哔哔小子来追踪猎者的讯号。
理工废墟就在剑桥警察局与后巷服饰店之间，从任意一地出发都可以。来到废墟上打开广播接收追猎者讯号，留意提示音的频繁度，越频繁就代表越靠近目标，并且留意屏幕左上角与目标之间的信号强度百分比。
最终信号会将你引领到格林科技基因研究院。
内进研究院，就会发现这里的掠夺者与追猎者爆发冲突，从大楼内环绕的走廊都能找到楼梯往上层跑去，沿路需要消灭大批的掠夺者。
在三层东面的控制室内可以找到三颗破片地雷，留待之后与追猎者大战之用。
通过塌下来的房顶往上层走去，去到红色墙体的房间内，操作接待台的电脑可以调整另一边房间的灯光以及炮塔。
而进入到右侧的仓库内，会发现第二胎终端机，破解它可以打开保险柜的门。
这时候才穿过南面的门，这时候要只需要面对三名掠夺者。
此时来到一个黑暗的机房内，破解中间的终端机内进铁笼可以获得核融合核心。
然后继续往前推进，走上楼梯就可以看见一名叫作Z2-47的追猎者正与其追捕的合成年人对话，刚走出楼道时，往楼梯口扔出去三颗破片地雷，然后往楼梯后退，拿出镭射散弹枪迎战，只要他踩中三颗地雷，只要再轰3枪他就毙命。
然后从Z2-47的尸体取出晶片。
另外有一名女性合成年人K1被囚禁着，破解左手边的终端机打开闸门就可以解救她。
然后搭乘左侧的电梯回到大楼中庭继而离开研究院。
主线任务-分子世界
你获得了追踪者镜片，但不知道该怎么解码，阿马利博士知道很多合成年人技术，你应该向她寻求协助。
前往芳邻镇的记忆存取库，这时候在店内就能够找到阿马利博士，她表示自己并没有能力解决，她提议你去找她的神秘伙伴——铁路，这帮人是自由记者派普曾经提及的神秘组织。
前往波士顿公园跟随着地面的红色街砖或血迹就可以去到北面的老北教堂，内进到教堂内就可以找到铁路组织（这一步骤的内容涉及到流程任务“通往自由”）。
你已经获得追踪者晶片里面所需要的资讯，现在得回去发光海的岩洞找维吉尔。
维吉尔没想到铁路组织那帮怪咖居然能解密，但重点是他已经为你制作出传送装置的设计图，但你需要找人帮你一同完成这个庞大的工程。
这时候你可以选择和铁路组织、民兵或者是钢铁兄弟会合作。
笔者选择了与民兵合作，返回到庇护山丘，将你为了救儿子而要闯入学院的计划告知普雷斯敦，他同意全力协助你。
先去找民兵的工程师斯特吉，他需要研究一下维吉尔的设计蓝图，而你就负责建设。
使用工坊，走到街道上（空地位置比较多的地方），在特殊项目当中建设稳定反射平台，然后与斯特吉对话，他会让你建设余下的部分。
再打开工坊的特殊项目建设控制台、转送天线、分子束发射器（这必须要安装在稳定发射平台上）。
然后架设多台发电量超30的发电机，将电线都先连接在分子束发射器上，然后从分子束发射器顶部发光体拉出电线并连接在转送天线和控制台上。
随后你认为自己已经准备后，就站在稳定反射装置上，斯特吉就会寻找信号，然后启动传送装置将你传送至学院。
主线任务-通往自由
据说如果你想要对抗学院，应该要先找到铁路，而你所拥有的唯一线索是“依循自由之路”，这条路线的七点在波士顿公园。
在波士顿公园找到导览机械人，与之对话，它会告诉你这里是自由之路的起点，而参观路线是保罗·利威尔故居、老北桥、旧州政府、碉堡山，重点是跟着红色小路走。
这条红色小路其实是红色的街砖或红色的血迹，一路跟随可以前往至最终目的地老北教堂。
内进教堂后进入到一层西南角的走廊内，走廊亮起浅蓝色的灯光，里面会有狂尸鬼袭击你。
在尽头处会发现一个自由之路环，点击外环可以令到外环旋转，点击中间的标志是选取（确认）。你要输入的内容是“railroad（铁路），成功输入后，左侧的石门就会打开。
当门打开之后，面对面的则是铁路组织的话事人戴瑟蒙娜，她起初对你抱有怀疑，但最近听闻你的事迹的迪耿坚持要接待你。
跟随他们进入到铁路组织的基地，你交出追猎者的晶片，他们的科研人员汤姆就能够对晶片进行解码。
随后你与戴瑟蒙娜对话，你表示自己很关心合成年人，她就会放你走。
主线任务-内贼
斯特吉给了你一支全像卡带，可以用来扫描学院的电脑网路并寻找有用的资讯。你只需要在学院终端机上执行它，然后再交回给斯特吉分析就行了。
进入到学院，去到前方的控制台前，操作终端机，按R键就可以进行网络扫描。
可是回头的装置并没有被激活，所以之后走到前方的电梯，此时听见一名叫作父亲大人的人一路在劝说着你。
落到下层搭乘另一趟电梯去到一名酷似尚恩的男孩所在的房间，与那名男孩（其实他是尚恩的复制品）对话，他会哭诉着要找父亲大人，此时一名自称是父亲大人的老者就会出现。
父亲大人坦诚告诉你，他其实就是你的儿子尚恩，因为从你休眠直至苏醒，并非过了10年，而是60年。
当年学院为了寻求不受污染的DNA，就选择了111号避难所的婴儿，也就是尚恩。如今的尚恩已经成为了学院的最高领导人，他坚称学院的做法是在拯救全人类，其他人对他们的误解一概不顾。
最后尚恩邀请你加入学院或者是与之为敌，还记得维吉尔所需要的血清吗？这时候你有三个选择，一是加盟学院然后去到维吉尔以前的办公室盗窃血清，二是返回地面告诉维吉尔死心，三是攻打学院的时候搜刮血清。
笔者选择了与学院为敌（毕竟过了这么多年，眼前此人正是你失散多年的老妈，居然都是用“你”来称呼，加上学院的种种血腥恶行，因此尚恩实属不忠不孝不义之人）。
这时候就要返回到最初进入到学院的地方，然后传送回到地面（学院其实是在地底），然后将扫描结果交给斯特吉。
